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G GTCTA 102 PASS DP=42;NF=2;NR=3;NRS=7;NFS=3;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:20 chrX 117765996 . T TGGTGTG 44 PASS DP=23;NF=5;NR=2;NRS=6;NFS=2;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:44 chrX 118065382 . G GAA 25 PASS DP=10;NF=4;NR=0;NRS=5;NFS=0;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:17 chrX 118084237 . CT C 85 PASS DP=56;NF=0;NR=2;NRS=5;NFS=12;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:3 chrX 118174759 . TGTGTGTGC T 297 PASS DP=28;NF=3;NR=5;NRS=3;NFS=9;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:24 chrX 118311206 . G GGAAA 46 PASS DP=32;NF=1;NR=0;NRS=6;NFS=1;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:4 chrX 118358420 . GTATA G 29 PASS DP=32;NF=1;NR=2;NRS=7;NFS=4;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:9 chrX 118382947 . TAC T 38 PASS DP=38;NF=2;NR=3;NRS=8;NFS=6;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:38 chrX 118492499 . G GT 218 PASS DP=44;NF=4;NR=8;NRS=6;NFS=9;HP=8;SF=0 GT:GQ 1/1:33 chrX 118542414 . AAAAAG A 66 PASS DP=16;NF=1;NR=2;NRS=2;NFS=3;HP=10;SF=0 GT:GQ 1/1:10 chrX 118688570 . AG A 21 PASS DP=39;NF=7;NR=5;NRS=9;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:4 chrX 118751863 . C CA 23 PASS DP=17;NF=2;NR=1;NRS=2;NFS=1;HP=8;SF=0 GT:GQ 1/1:8 chrX 118873611 . 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A AACAC 204 PASS DP=27;NF=1;NR=4;NRS=8;NFS=4;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:66 chrX 136172597 . TTA T 59 PASS DP=6;NF=0;NR=2;NRS=0;NFS=2;HP=3;SF=0 GT:GQ 1/1:6 chrX 136172969 . TATACACAC T 80 PASS DP=20;NF=1;NR=2;NRS=4;NFS=2;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:3 chrX 136247773 . CTT C 241 PASS DP=45;NF=6;NR=6;NRS=10;NFS=8;HP=5;SF=0 GT:GQ 0/1:74 chrX 136263892 . CGT C 160 PASS DP=42;NF=4;NR=3;NRS=4;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:18 chrX 136463171 . CTGTGTG C 22 PASS DP=38;NF=1;NR=0;NRS=8;NFS=6;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:8 chrX 136464490 . A AAG 63 PASS DP=39;NF=1;NR=3;NRS=8;NFS=4;HP=5;SF=0 GT:GQ 0/1:63 chrX 136471594 . G GA 75 PASS DP=40;NF=6;NR=3;NRS=8;NFS=3;HP=9;SF=0 GT:GQ 1/1:5 chrX 136542378 . G GTA 27 PASS DP=9;NF=1;NR=0;NRS=3;NFS=0;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:6 chrX 136609761 . ATGTG A 317 PASS DP=32;NF=4;NR=5;NRS=10;NFS=22;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:36 chrX 136609787 . GTGTGTA G 323 PASS DP=27;NF=3;NR=5;NRS=6;NFS=6;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:29 chrX 136658369 . G GTA 127 PASS DP=43;NF=7;NR=9;NRS=8;NFS=10;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:19 chrX 136666964 . ATT A 99 PASS DP=46;NF=6;NR=4;NRS=10;NFS=5;HP=3;SF=0 GT:GQ 1/1:27 chrX 136775167 . A AT 422 PASS DP=46;NF=10;NR=11;NRS=11;NFS=11;HP=7;SF=0 GT:GQ 1/1:61 chrX 136967586 . TTATATATATATATA T 79 PASS DP=18;NF=1;NR=1;NRS=4;NFS=1;HP=3;SF=0 GT:GQ 1/1:9 chrX 137040544 . T TTCTTTCTC 333 PASS DP=49;NF=9;NR=3;NRS=11;NFS=4;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:44 chrX 137160210 . G GGAGA 69 PASS DP=29;NF=9;NR=2;NRS=22;NFS=2;HP=2;SF=0 GT:GQ 1/1:26 chrX 137172262 . CATGTCTCCATGCAGCGGCTGCCGCTGTT C 403 PASS DP=29;NF=3;NR=5;NRS=4;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:74 chrX 137229237 . T TA 197 PASS DP=26;NF=11;NR=1;NRS=11;NFS=1;HP=9;SF=0 GT:GQ 1/1:5 chrX 137238228 . A ATTATTATTAT 549 PASS DP=29;NF=7;NR=2;NRS=10;NFS=0;HP=2;SF=0 GT:GQ 1/1:27 chrX 137254040 . A AACACAC 67 PASS DP=25;NF=1;NR=2;NRS=6;NFS=4;HP=3;SF=0 GT:GQ 1/1:10 chrX 137525006 . GCA G 51 PASS DP=41;NF=1;NR=3;NRS=6;NFS=13;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:51 chrX 137602557 . 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G GTA 300 PASS DP=73;NF=1;NR=2;NRS=6;NFS=3;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:51 chr13 104410760 . A AT 271 PASS DP=52;NF=11;NR=2;NRS=12;NFS=1;HP=2;SF=0 GT:GQ 1/1:28 chr13 104458670 . T TATATAGAGAG 157 PASS DP=59;NF=5;NR=4;NRS=8;NFS=4;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:33 chr13 104462351 . A AT 72 PASS DP=60;NF=2;NR=2;NRS=14;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:72 chr13 104464857 . C CAT 35 PASS DP=26;NF=2;NR=0;NRS=5;NFS=3;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:35 chr13 104471775 . CGTGTGT C 128 PASS DP=58;NF=11;NR=5;NRS=23;NFS=16;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:6 chr13 104525910 . ATATAT A 87 PASS DP=45;NF=2;NR=1;NRS=6;NFS=2;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:10 chr13 104528449 . CACAT C 366 PASS DP=32;NF=3;NR=5;NRS=4;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:52 chr13 104533341 . CCACACA C 217 PASS DP=46;NF=4;NR=3;NRS=12;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:68 chr13 104543105 . AATTTATTTATTTATTT A 87 PASS DP=55;NF=3;NR=1;NRS=10;NFS=9;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:87 chr13 104543876 . T TG 1641 PASS DP=92;NF=19;NR=20;NRS=20;NFS=20;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:116 chr13 104562948 . 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CTG C 79 PASS DP=63;NF=2;NR=5;NRS=14;NFS=9;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:17 chr11 121164970 . G GAAAA 1501 PASS DP=91;NF=19;NR=13;NRS=26;NFS=15;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:14 chr11 121187891 . G GGT 61 PASS DP=76;NF=9;NR=2;NRS=18;NFS=5;HP=2;SF=0 GT:GQ 1/1:30 chr11 121196501 . T TA 115 PASS DP=28;NF=1;NR=4;NRS=3;NFS=5;HP=4;SF=0 GT:GQ 0/1:58 chr11 121196663 . T TAA 509 PASS DP=40;NF=13;NR=5;NRS=16;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:5 chr11 121328553 . T TTC 661 PASS DP=101;NF=7;NR=6;NRS=11;NFS=13;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:33 chr11 121364731 . A AGAAAGG 298 PASS DP=27;NF=6;NR=0;NRS=11;NFS=0;HP=3;SF=0 GT:GQ 1/1:30 chr11 121364791 . G GA 125 PASS DP=39;NF=6;NR=0;NRS=9;NFS=0;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:43 chr11 121392416 . G GAT 55 PASS DP=16;NF=0;NR=6;NRS=0;NFS=7;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:55 chr11 121410693 . TATAC T 535 PASS DP=64;NF=7;NR=10;NRS=9;NFS=12;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:137 chr11 121423797 . GTTTTATTTTATTTTA G 611 PASS DP=67;NF=3;NR=7;NRS=8;NFS=16;HP=4;SF=0 GT:GQ 1/1:14 chr11 121460532 . 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CTG C 67 PASS DP=71;NF=2;NR=12;NRS=17;NFS=18;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:67 chr21 15922643 . TACACAC T 135 PASS DP=42;NF=10;NR=3;NRS=14;NFS=6;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:41 chr21 15923443 . CGTGT C 61 PASS DP=60;NF=3;NR=3;NRS=13;NFS=11;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:3 chr21 16086792 . CT C 183 PASS DP=33;NF=2;NR=3;NRS=8;NFS=5;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:183 chr21 16121955 . CGT C 87 PASS DP=62;NF=2;NR=5;NRS=14;NFS=14;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:6 chr21 16155165 . T TATAG 40 PASS DP=40;NF=4;NR=5;NRS=9;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:40 chr21 16160392 . A AAT 156 PASS DP=47;NF=6;NR=3;NRS=11;NFS=6;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:107 chr21 16262101 . GATGT G 81 PASS DP=89;NF=24;NR=6;NRS=27;NFS=6;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:14 chr21 16286546 . A AGAAAGGTCAGCCTTTTT 1312 PASS DP=71;NF=10;NR=7;NRS=14;NFS=10;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:83 chr21 16288839 . C CTTTTTTTTTTTTT 22 PASS DP=47;NF=5;NR=4;NRS=8;NFS=5;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:4 chr21 16300713 . T TTA 38 PASS DP=68;NF=6;NR=4;NRS=15;NFS=9;HP=4;SF=0 GT:GQ 1/1:22 chr21 16302468 . 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AG A 184 PASS DP=125;NF=11;NR=6;NRS=12;NFS=8;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:3 chr6 57467829 . TC T 63 PASS DP=69;NF=1;NR=2;NRS=5;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:63 chr6 57471420 . A ATTGTC 347 PASS DP=150;NF=3;NR=2;NRS=4;NFS=2;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:58 chr6 57477302 . TA T 38 PASS DP=185;NF=3;NR=2;NRS=12;NFS=10;HP=5;SF=0 GT:GQ 0/1:36 chr6 57483626 . T TG 1428 PASS DP=197;NF=23;NR=32;NRS=34;NFS=56;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:163 chr6 57484639 . AT A 1115 PASS DP=248;NF=14;NR=14;NRS=45;NFS=32;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:1115 chr6 57488025 . ATACGT A 304 PASS DP=143;NF=17;NR=4;NRS=37;NFS=29;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:304 chr6 57488635 . A ACAAAG 1351 PASS DP=244;NF=20;NR=10;NRS=33;NFS=20;HP=5;SF=0 GT:GQ 0/1:1351 chr6 57490149 . AG A 313 PASS DP=124;NF=8;NR=10;NRS=16;NFS=24;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:313 chr6 57497585 . TTAAAAAAAAAAAAAAAAA T 190 PASS DP=166;NF=12;NR=6;NRS=21;NFS=14;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:88 chr6 57502823 . T TC 159 PASS DP=251;NF=15;NR=12;NRS=51;NFS=29;HP=6;SF=0 GT:GQ 0/1:159 chr6 57504524 . 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T TA 123 PASS DP=191;NF=10;NR=6;NRS=27;NFS=26;HP=6;SF=0 GT:GQ 0/1:123 chr6 57538832 . CTTTTTTTTACCTTTTTA C 170 PASS DP=184;NF=11;NR=8;NRS=20;NFS=21;HP=8;SF=0 GT:GQ 0/1:170 chr6 57539381 . CA C 493 PASS DP=173;NF=10;NR=13;NRS=29;NFS=22;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:493 chr6 57540104 . T TA 292 PASS DP=209;NF=7;NR=19;NRS=18;NFS=38;HP=8;SF=0 GT:GQ 0/1:22 chr6 57540298 . GC G 957 PASS DP=160;NF=7;NR=7;NRS=24;NFS=14;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:257 chr6 57541986 . TC T 465 PASS DP=165;NF=10;NR=28;NRS=17;NFS=41;HP=7;SF=0 GT:GQ 0/1:421 chr6 57542385 . G GAA 33 PASS DP=115;NF=4;NR=2;NRS=24;NFS=10;HP=7;SF=0 GT:GQ 0/1:33 chr6 57555481 . AG A 408 PASS DP=222;NF=19;NR=13;NRS=40;NFS=28;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:408 chr6 57557114 . T TTTATTA 53 PASS DP=37;NF=2;NR=0;NRS=8;NFS=0;HP=2;SF=0 GT:GQ 1/1:4 chr6 57561616 . GA G 239 PASS DP=280;NF=11;NR=22;NRS=41;NFS=44;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:239 chr6 57565000 . GA G 822 PASS DP=273;NF=34;NR=19;NRS=62;NFS=47;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:822 chr6 57572624 . 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TGCGC T 43 PASS DP=88;NF=10;NR=5;NRS=25;NFS=18;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:43 chr5 42859025 . AAT A 28 PASS DP=74;NF=4;NR=2;NRS=23;NFS=7;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:28 chr5 42961357 . TACACACAC T 65 PASS DP=72;NF=5;NR=4;NRS=13;NFS=9;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:3 chr5 42977082 . T TA 59 PASS DP=82;NF=8;NR=5;NRS=19;NFS=12;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:5 chr5 43014538 . TCCCTCC T 27 PASS DP=14;NF=0;NR=1;NRS=2;NFS=2;HP=3;SF=0 GT:GQ 1/1:5 chr5 43082757 . AGTGT A 69 PASS DP=52;NF=3;NR=3;NRS=16;NFS=7;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:21 chr5 43234042 . CTT C 61 PASS DP=69;NF=3;NR=4;NRS=6;NFS=7;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:61 chr5 43234072 . CTT C 132 PASS DP=68;NF=2;NR=1;NRS=4;NFS=7;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:90 chr5 43234076 . CTT C 132 PASS DP=68;NF=2;NR=1;NRS=7;NFS=7;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:19 chr5 43235064 . ATATAT A 428 PASS DP=46;NF=5;NR=6;NRS=10;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:38 chr5 43249800 . C CTTTA 891 PASS DP=88;NF=17;NR=15;NRS=21;NFS=15;HP=3;SF=0 GT:GQ 1/1:5 chr5 43321271 . 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T TGAGAGA 599 PASS DP=80;NF=6;NR=10;NRS=12;NFS=12;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:102 chr5 43726929 . AGTGTGTGTGTGT A 599 PASS DP=80;NF=3;NR=3;NRS=13;NFS=10;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:102 chr5 43766995 . T TTCC 47 PASS DP=77;NF=1;NR=7;NRS=2;NFS=14;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:47 chr5 43843240 . TATA T 90 PASS DP=22;NF=4;NR=0;NRS=7;NFS=0;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:90 chr5 43861220 . TAGGGGG T 93 PASS DP=38;NF=4;NR=2;NRS=7;NFS=3;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:5 chr5 43867789 . AT A 241 PASS DP=47;NF=6;NR=5;NRS=10;NFS=9;HP=7;SF=0 GT:GQ 0/1:98 chr5 43933102 . CCTTTCTTTCTTT C 165 PASS DP=50;NF=1;NR=7;NRS=15;NFS=12;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:50 chr5 43986096 . AT A 62 PASS DP=74;NF=14;NR=5;NRS=17;NFS=7;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:17 chr5 44348054 . T TAC 523 PASS DP=105;NF=18;NR=10;NRS=26;NFS=15;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:160 chr5 44438301 . C CTA 55 PASS DP=66;NF=1;NR=4;NRS=4;NFS=10;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:55 chr5 44524505 . CT C 28 PASS DP=32;NF=5;NR=3;NRS=9;NFS=6;HP=10;SF=0 GT:GQ 0/1:28 chr5 44721646 . 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G GTA 330 PASS DP=80;NF=13;NR=4;NRS=15;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:5 chr4 96201362 . CA C 114 PASS DP=63;NF=5;NR=0;NRS=8;NFS=4;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:92 chr4 96233588 . CCTGCTGAGGTTTATAATTCTATGT C 513 PASS DP=55;NF=5;NR=5;NRS=11;NFS=9;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:73 chr4 96236899 . CTATA C 55 PASS DP=7;NF=0;NR=2;NRS=2;NFS=1;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:9 chr4 96237314 . C CTATA 167 PASS DP=17;NF=4;NR=0;NRS=4;NFS=0;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:10 chr4 96336931 . A ATATATT 39 PASS DP=11;NF=0;NR=2;NRS=1;NFS=1;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:39 chr4 96365038 . T TA 68 PASS DP=77;NF=5;NR=8;NRS=13;NFS=11;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:5 chr4 96396873 . AAT A 52 PASS DP=68;NF=3;NR=3;NRS=14;NFS=14;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:52 chr4 96432382 . CATAT C 149 PASS DP=37;NF=1;NR=3;NRS=4;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:90 chr4 96509373 . G GA 1399 PASS DP=74;NF=13;NR=24;NRS=27;NFS=50;HP=2;SF=0 GT:GQ 1/1:5 chr4 96526392 . T TA 124 PASS DP=89;NF=12;NR=7;NRS=20;NFS=18;HP=5;SF=0 GT:GQ 0/1:6 chr4 96788121 . 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T TA 501 PASS DP=73;NF=14;NR=13;NRS=15;NFS=13;HP=8;SF=0 GT:GQ 1/1:4 chr2 15564989 . C CAGA 1355 PASS DP=103;NF=19;NR=19;NRS=22;NFS=21;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:5 chr2 15586454 . AT A 511 PASS DP=93;NF=10;NR=0;NRS=18;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:19 chr2 15611455 . C CTT 103 PASS DP=42;NF=1;NR=2;NRS=5;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:73 chr2 15623651 . T TA 226 PASS DP=78;NF=10;NR=8;NRS=13;NFS=9;HP=10;SF=0 GT:GQ 0/1:6 chr2 15656509 . C CT 100 PASS DP=74;NF=7;NR=6;NRS=18;NFS=14;HP=9;SF=0 GT:GQ 0/1:100 chr2 15666237 . GGT G 23 PASS DP=97;NF=8;NR=11;NRS=14;NFS=9;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:23 chr2 15743861 . T TAAG 1445 PASS DP=113;NF=19;NR=18;NRS=24;NFS=21;HP=2;SF=0 GT:GQ 1/1:112 chr2 15836781 . T TTTATTATTATTA 89 PASS DP=46;NF=2;NR=0;NRS=9;NFS=5;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:89 chr2 15838539 . T TG 28 PASS DP=75;NF=6;NR=4;NRS=11;NFS=9;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:28 chr2 15909989 . G GTT 194 PASS DP=81;NF=10;NR=7;NRS=16;NFS=14;HP=9;SF=0 GT:GQ 0/1:77 chr2 15923170 . 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GAT G 26 PASS DP=30;NF=2;NR=0;NRS=8;NFS=1;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:26 chr2 132622521 . TC T 139 PASS DP=27;NF=0;NR=4;NRS=1;NFS=9;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:139 chr2 132698192 . GA G 246 PASS DP=156;NF=3;NR=11;NRS=24;NFS=36;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:246 chr2 132702994 . AATAG A 56 PASS DP=115;NF=4;NR=1;NRS=21;NFS=20;HP=6;SF=0 GT:GQ 0/1:56 chr2 132718185 . ATT A 143 PASS DP=209;NF=4;NR=6;NRS=14;NFS=12;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:143 chr2 132726166 . ATT A 77 PASS DP=252;NF=3;NR=13;NRS=15;NFS=48;HP=9;SF=0 GT:GQ 0/1:58 chr2 132728501 . C CCG 99 PASS DP=286;NF=9;NR=4;NRS=77;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:27 chr2 132729096 . CCCAAAG C 314 PASS DP=1225;NF=4;NR=0;NRS=28;NFS=6;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:314 chr2 132733495 . TGGCCACGCATAGAGGAGA T 166 PASS DP=227;NF=1;NR=0;NRS=13;NFS=9;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:166 chr2 132733602 . AG A 32 PASS DP=404;NF=12;NR=16;NRS=21;NFS=22;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:32 chr2 132735182 . TGG T 29 PASS DP=257;NF=7;NR=2;NRS=9;NFS=4;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:11 chr2 132736393 . 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A AG 59 PASS DP=61;NF=5;NR=3;NRS=14;NFS=14;HP=5;SF=0 GT:GQ 0/1:59 chr2 157215238 . AACAC A 261 PASS DP=92;NF=6;NR=3;NRS=22;NFS=13;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:200 chr2 157277155 . C CT 71 PASS DP=63;NF=11;NR=8;NRS=15;NFS=16;HP=10;SF=0 GT:GQ 0/1:71 chr2 157301944 . C CTTTTTTT 89 PASS DP=52;NF=4;NR=2;NRS=8;NFS=5;HP=6;SF=0 GT:GQ 1/1:18 chr2 157314768 . ATATGTATG A 235 PASS DP=63;NF=4;NR=6;NRS=12;NFS=14;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:32 chr2 157332053 . T TA 50 PASS DP=45;NF=2;NR=4;NRS=9;NFS=9;HP=10;SF=0 GT:GQ 0/1:50 chr2 157360105 . AT A 144 PASS DP=60;NF=7;NR=9;NRS=12;NFS=20;HP=10;SF=0 GT:GQ 0/1:144 chr2 157383076 . C CCA 399 PASS DP=73;NF=6;NR=6;NRS=13;NFS=18;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:399 chr2 157389772 . ATATATATG A 864 PASS DP=61;NF=3;NR=14;NRS=7;NFS=21;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:534 chr2 157394885 . A AT 118 PASS DP=41;NF=4;NR=2;NRS=11;NFS=5;HP=8;SF=0 GT:GQ 0/1:118 chr2 157410139 . A ATGTG 187 PASS DP=58;NF=4;NR=3;NRS=14;NFS=8;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:187 chr2 157479434 . 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G GTA 114 PASS DP=27;NF=1;NR=2;NRS=7;NFS=4;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:63 chr1 106630468 . G GGTGT 113 PASS DP=32;NF=4;NR=2;NRS=6;NFS=3;HP=3;SF=0 GT:GQ 0/1:11 chr1 106630487 . G GTGTA 113 PASS DP=32;NF=4;NR=2;NRS=5;NFS=3;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:11 chr1 106652722 . C CCTG 206 PASS DP=33;NF=2;NR=3;NRS=4;NFS=7;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:143 chr1 106653852 . C CA 67 PASS DP=21;NF=1;NR=2;NRS=6;NFS=6;HP=5;SF=0 GT:GQ 0/1:67 chr1 106654155 . CA C 54 PASS DP=39;NF=5;NR=0;NRS=13;NFS=7;HP=9;SF=0 GT:GQ 0/1:54 chr1 106666194 . GTA G 50 PASS DP=23;NF=1;NR=1;NRS=4;NFS=2;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:50 chr1 106686144 . GGC G 38 PASS DP=48;NF=2;NR=3;NRS=7;NFS=3;HP=2;SF=0 GT:GQ 0/1:21 chr1 106770686 . CA C 82 PASS DP=53;NF=4;NR=0;NRS=5;NFS=0;HP=7;SF=0 GT:GQ 1/1:14 chr1 106771183 . CAT C 140 PASS DP=39;NF=0;NR=3;NRS=6;NFS=5;HP=1;SF=0 GT:GQ 1/1:31 chr1 106789686 . CGT C 34 PASS DP=34;NF=1;NR=2;NRS=8;NFS=4;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:34 chr1 106909140 . GGT G 45 PASS DP=73;NF=5;NR=8;NRS=17;NFS=18;HP=1;SF=0 GT:GQ 0/1:45 chr1 107064420 . 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