#!/usr/bin/perl

require "lib.seq-io.pl" ;

sub PrintMultAli_Interleaved {
    local(*ids,*seqs,$size) = @_;
    local($i,$j,$maxlen);
    if (! $size) { $size = 60 ; }
    for ($i=0; $i<$#ids; $i++) {
	if (length($seqs[$i]) > $maxlen) {
	    $maxlen = length($seqs[$i]);
	}
    }
    $j=0;
    while ($j <= $maxlen) {
	for ($i=0; $i<=$#ids; $i++) {
	    printf("%-11s >%s\n",$ids[$i],substr($seqs[$i],$j,$size));
	}			
	print "\n";
	$j += $size;
    }
}


sub append_to_ids {
    local($a,@ids) = @_;
    local($i);
    for ($i=0;$i<$#ids;$i++) {
	$ids[$i] .= $a ;
    }
    return @ids ;
}


sub read_nseq_stdin_fasta {
    local(*ids,*seqs,$n) = @_ ;
    local($i);
    if (! $n) { $n = 9999999 ; }
    &msg5("read_nseq_stdin_fasta() with n=$n"); #'
    if ($save_id_global) {
	$ids[0] = $save_id_global ;
	$save_id = "";
	$i = 0;
    } else {
	$i = -1;
    }
    while(<>) {
	if (/^>([^ ]+)\s+/) {
	    $i++ ;
	    if ($i >= $n) {
		$save_id_global = $1 ;
		return $n;
	    } else {
		$ids[$i] = $1;
	    }
	} else {
	    chop ;
	    $seqs[$i] .= $_ ;
	}
    }
    if ($i == -1) {
	return 0  ;
    } else {
	return $i ;
    }
}

1 ;
